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  甘蔗伸长期水分过多，蔗田积水或地下水位过高对甘蔗生长发育不利，特别是洪水淹没蔗顶则危害更大，甚至造成失收。如果受涝甘蔗浸没顶3～5天，受害较轻；浸没顶5～10天，则死亡率逐渐增大；浸没顶达10天以上死亡严重，蔗头也不能保存。甘蔗受浸后生长点逐渐受害，水退后蔗株会逐渐干枯死亡。而从受浸时间来看，留宿根的蔗田如果积水达一个月或更长时间，将大大影响发株；正在生长的甘蔗，未浸没顶但积水10～15天，根茎叶的生理机能均受到破坏，叶色变黄，长势变差，俗称“发水黄”，根部萎缩，茎缩小，蔗茎常长出气根和抽侧芽，有效茎减少，产量大大降低。积水时间越长，减产就越严重。
 
    根据研究表明，水淹宿根蔗的锤度比正常宿根蔗的锤度平均少1.94%,蔗糖分积累平均少1.52%,水淹新植蔗的锤度比正常新植蔗平均少0.37%，蔗糖分平均少0.18%。历史上，98年、05年、06年，广西都曾发生过洪涝灾害，以来宾市为例，05年发生过较为严重的洪涝灾害，其中日降雨量曾达到300-400毫米，当年的甘蔗单产不到4吨，而在无自然灾害的年份，来宾市的甘蔗亩产平均都能达到5吨。
 
    洪水没有淹没顶的甘蔗在15天之内一般危害不大，如果浸泡时间过长，超过一个月以上的话，对甘蔗将造成严重的影响，根的呼吸作用受到抑制，影响养分和矿物质的吸收。被水淹过的甘蔗，一般会长出较多的杂草，虫害也会有所增多，出现天牛、螟虫增多的情况，在一些极端天气过后，存活下来的病虫害生命力更顽强，繁殖能力也更强。